Nazirlər Kabinetinin 16 dekabr 1999-cu il 190 nömrəli qərarı ilə yaradılmış Aqrar İnnovasiya Mərkəzi 42 dövlət toxumçuluq, tinglik və damazlıq müəssisələrinin aqrar elmdəki vahid strateji məqsədlərini formalaşdırmaq, alınan elmi nəticələrin özəl təsərrüfatlarda tətbiqinin səmərəliliyini həyata keçirir.“Aqrar sahədə idarəetmənin təkmilləşdirilməsi və institusional islahatların sürətləndirilməsi ilə bağlı tədbirlər haqqında” Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2014-cü il 16 aprel tarixli 152 nömrəli Fərmanının 2.8-ci bəndinin icrasını təmin etmək məqsədi ilə Nazirlər Kabinetinin qərarı ilə sonradan Mərkəzin adı dəyişdirilərək, Aqrar İnformasiya Məsləhət Mərkəzi, Nazirlər Kabinetinin “Aqrar İnnovasiya Mərkəzinin və onun tabeliyindəki elmi-tədqiqat institutlarının strukturunun təkmilləşdirilməsi haqqında” 2015-ci il 17 aprel tarixli, 109 nömrəli qərarına görə isə “Aqrar İnnovasiya Mərkəzi” adlandırılır.